ハマったと言っても、罠にハマった方の(；´Д｀) テーマをインストールしても、サイドバーの色が変わらないので、おかしいなと小一時間は調べてしまった。 テーマのインストール後、カラースキーマを変更して、ユーザー環境設定を見てみると、

"color_scheme": "Packages/Theme - Flatland/Flatland Dark.tmTheme",

といった感じで、color_schemeには変更がかかるみたいだが、

"theme": "Flatland Dark.sublime-theme",

テーマの方は環境設定そのものには自動で反映されないんだなあ。この一文がないために、サイドバーというか、テーマが適用されていないために、当然サイドバーの色なんかも変わらないと。冷静に考えるとハマるところでもないんだが、なんか見た目的なものは、色もテーマもセットにして考えてしまった。